Anahtar fark: Katolik İncil, Eski Ahit'in orijinal kırk altı kitabını (Apocrypha'nın yedi kitabını içerir) ve Yeni Ahit'in yirmi yedi kitabını içerir. Protestan İncil'i Eski Ahit'in otuz dokuz kitabını ve Yeni Ahit'in yirmi yedi kitabını içerir.
Katolik ve Protestan kiliseleri arasındaki en büyük fark, İncil'e olan inançlarıdır. Katolikler, İncil'i Kilise ve gelenekler ile eşit otoriteye sahip olarak görürken, Protestanlar İncil'i inanç ve uygulama için en yüksek otorite olarak görür.
İncil'in sadece bir kitap olmadığını unutmamak gerekir; yazılardan tarihsel olaylara kadar bir kitap koleksiyonudur. İsa çarmıhta öldükten sonra İsa'nın yaşamını, havarilerini ve yaşamlarını anlatan bir kütüphanedir. 4. yüzyılın sonlarında, bu çeşitli ciltler ve hikayeler, bildiğimiz gibi, esasen modern incil olan tek bir ciltte yerine getirildi. Modern İncil iki bölümden oluşur: Eski Ahit ve Yeni Ahit.
Hem Katolik hem de Protestan İncilleri aynı biçimde Yeni Ahit'i içermektedir. Fark Eski Ahit'te ortaya çıkar. Protestan İncil'de yer alan Eski Ahit, doktrinlerin veya kitapların kanunları altında tutuldu. Kanonlaştırma, hangi kitapların kalması ve Mukaddes Kitapta yer alması ve hangilerinin hariç tutulması gerektiğine karar verme sürecidir. Protestan İncil'i yalnızca Tanrı'nın sözleri olarak görülen kitapları içermektedir. 'Adam' tarafından yazılmış sayılan kitaplar ve hikayeler hariç tutulmuştur. Bu kanonizasyon süreci yüzyıllarca sürdü.
Orijinal İncil'deki Eski Ahit, Septuagint olarak adlandırılan Yunanca Kutsal Yazıların Yunanca çevirisine dayanıyordu. MS 100 civarında, Yahudi hahamları Kutsal Kitaplarını revize etmiş ve Yunan Septuagint'in bazı kısımlarını dışlayan resmi bir Yahudilik kanonu kurmuştur.
Kaldırılan kitaplar Tobit, Judith, 1 Maccabees, 2 Maccabees, Bilgelik (Süleyman'ın), Sirach ve Baruch idi. Mezmurlar 151 (Mezmurlar'dan), Esther Kitabı, Susanna (bölüm 13'ten Daniel'den) ve Bel ve Ejderha (bölüm 14'ten Daniel'den) dahil olmak üzere mevcut kitapların bir kısmı da kaldırılmıştır.
Ancak, Roma Katolik Kilisesi, Protestanların adımlarını takip etmedi ve Eski Ahitlerini Septuagint'e dayandırmaya devam etti. Bu yüzden, temelde Katolik İncil hala Eski Ahit'in orijinal kırk altı kitabını (Apocrypha'nın yedi kitabını içerir) ve Yeni Ahit'in yirmi yedi kitabını içerir. Öte yandan, Protestan İncil'i Eski Ahit'in otuz dokuz kitabını ve Yeni Ahit'in yirmi yedi kitabını içermektedir.